Căn cứ văn bản số 3091/BTC-TCT ngày 08/03/2017 của Bộ Tài chính về chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản và thay thế văn bản số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 của Bộ Tài chính.

Từ kỳ tính thuế năm 2015, doanh nghiệp có hoạt động chế biến nông sản, thủy sản nếu đáp ứng các điều kiện quy định tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP của Chính phủ và Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản theo quy định.

Trường hợp trong cùng một thời gian, doanh nghiệp vừa được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về ưu đãi chế biến, nông sản, thủy sản, vừa đáp ứng điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện về chế biến nông sản, thủy sản) thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất tương ứng với một điều kiện ưu đãi.
Ví dụ : Năm 2014 doanh nghiệp A có dự án đầu tư mới hoạt động trong lĩnh vực chế biến thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn và bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2014

Theo quy định tại Nghị định số 218/2013/NĐ-CP và Thông tư số 78/2014/TT-BTC về thuế TNDN thì DNA sẽ được miễn thuế 2 năm (năm 2014, năm 2015), giảm 50% trong 4 năm tiếp theo (năm 2016 đến năm 2019), áp dụng thuế suất 20% trong 10 năm (bắt đầu từ năm 2014). Theo quy định tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP và Thông tư số 96/2015/TT-BTC thì từ năm 2015 thu nhập từ hoạt động chế biến thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn sẽ được áp dụng thuế suất thuế TNDN 10%.

Do vậy năm 2015, DN A có thu nhập từ hoạt động chế biến thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn sẽ được lựa chọn như sau:
- Miễn thuế tiếp 1 năm 2015 và năm 2016 đến năm 2019 sẽ được giảm 50% số thuế phải nộp, áp dụng thuế suất 20% trong 10 năm kể từ năm 2014
- Hoặc lựa chọn áp dụng mức thuế suất thuế TNDN 10% từ năm 2015, không được miễn, giảm thuế TNDN.