Ngày 28 tháng 7 năm 2020 Tổng cục Thuế có Văn bản số 3002/TCT-CS  hướng dẫn Chính sách thuế Thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế, giáo dục.

- Căn cứ Điều 2 và Điều 3 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12;

- Căn cứ Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN.

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất; trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế thu nhập đối với thu nhập phát sinh ở nước ngoài thì được trừ số thuế thu nhập đã nộp, nhưng tối đa không quá số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

….

5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1%;

c) Đối với hoạt động khác là 2%.”

Về nguyên tắc đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế TNDN mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ.