1. Các nội dung mới áp dụng đối với người nộp thuế là tổ chức

1.1 Đối tượng đăng ký thuế (Điều 4)

- Bỏ liệt kê các doanh nghiệp đăng ký theo pháp luật chuyên ngành (điểm a khoản 2 Điều 4), để tránh việc pháp luật chuyên ngành sửa đổi sẽ ảnh hưởng đến quy định tại Thông tư.

- Tổ hợp tác thuộc đối tượng thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế sẽ không bao gồm tổ hợp tác đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông cùng với đăng ký kinh doanh, theo đó được sửa đổi là: “tổ hợp tác được thành lập và tổ chức hoạt động theo quy định tại Nghị định 77/2019/NĐ-CP ngày 10/10/2019 của Chính phủ về tổ hợp tác nhưng không thuộc trường hợp đăng ký kinh doanh qua cơ quan đăng ký kinh doanh theo quy định tại khoản 2 Điều 107 Luật Hợp tác xã 2023” (điểm b Khoản 2 Điều 4), để loại trừ tổ hợp tác thuộc diện đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông cùng với đăng ký kinh doanh theo quy định tại Nghị định 92/2024/NĐ-CP về đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã.

1.2 Cấu trúc mã số thuế (Điều 5)

- Về mã số thuế cấp cho người nộp thuế là nhà thầu nước ngoài đăng ký nộp thuế trực tiếp với cơ quan thuế, Thông tư 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định đối với trường hợp có nhiều nhà thầu nước ngoài trên cùng một hợp đồng nhà thầu ký với bên Việt Nam và các nhà thầu có nhu cầu kê khai, nộp thuế riêng thì mỗi nhà thầu nước ngoài được cấp riêng một mã số thuế 10 số (điểm d khoản 4 Điều 5).

- Sửa đổi quy định cấp mã số thuế nộp thay cho tổ chức có hợp đồng hoặc văn bản hợp tác kinh doanh, theo đó người nộp thuế chỉ đăng ký cấp mã số thuế nộp thay trong trường hợp này nếu có nhu cầu cấp mã số thuế riêng cho hợp đồng hợp tác kinh doanh (điểm e khoản 4 Điều 5).

1.3 Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

- Bỏ Bảng kê các đơn vị phụ thuộc mẫu số BK02-ĐK-TCT trong thành phần hồ sơ đăng ký thuế lần đầu của đơn vị phụ thuộc (điểm a.2, b.2 khoản 1 Điều 7).

- Bổ sung địa điểm nộp hồ sơ tại Cục Thuế doanh nghiệp lớn trong trường hợp người nộp thuế được phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý đối với người nộp thuế là người điều hành, công ty điều hành chung, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mở dầu khí tại vùng chồng lấn, nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, công ty mẹ - Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ các hợp đồng dầu khí (khoản 7 Điều 7).

1.4 Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

- Bổ sung địa điểm nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế đối với người nộp thuế là nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí khi chuyển nhượng phần vốn góp trong tổ chức kinh tế hoặc chuyển nhượng một phần quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí tại Cục Thuế doanh nghiệp lớn trong trường hợp người điều hành được phân công cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý (điểm c khoản 1 Điều 10).

- Sửa đổi, bổ sung cách xác định thời hạn ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST đối với trường hợp thay đổi thông tin làm thay đổi cơ quan thuế quản lý tại điểm a khoản 2 Điều 11 như sau:

+ Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc kết luận kiểm tra (đối với hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế (đối với hồ sơ không thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), đồng thời người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi theo quy định tại khoản 3 Điều 6 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến.

+ Quá thời hạn nêu trên, trường hợp người nộp thuế chưa hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi thì thời hạn cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST được xác định lại là 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế nơi chuyển đi.

+ Việc xác định người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

- Đối với người nộp thuế đã hoàn thành chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi chuyển đi nhưng không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở tại cơ quan đăng ký kinh doanh hoặc tại cơ quan thuế nơi chuyển đến, Thông tư 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định cơ quan thuế gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu mẫu số 01/TB-BSTT-NNT tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP qua địa chỉ thư điện tử, số điện thoại của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế theo thông tin người nộp thuế đã đăng ký để đảm bảo tính công khai, minh bạch với NNT (điểm b khoản 3 Điều 11); Sửa đổi cơ quan thuế ban hành Thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, chuyển trạng thái “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” và công khai thông tin trên cổng thông tin điện tử là cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đi (điểm b, c khoản 3 Điều 11).

1.5 Thủ tục tạm ngừng hoạt động, kinh doanh

- Bổ sung quy định cơ quan thuế không cập nhật trạng thái tạm ngừng hoạt động, kinh doanh đối với doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác nếu được cơ quan đăng ký kinh doanh chấp thuận tạm ngừng kinh doanh theo quy định của pháp luật về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh nhưng sau khi cơ quan thuế ban hành Thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (khoản 2 Điều 12).

- Bổ sung quy định cơ quan thuế không cập nhật trạng thái tạm ngừng hoạt động, kinh doanh hoặc tiếp tục hoạt động, kinh doanh đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế nếu có văn bản chấp thuận tạm ngừng hoạt động, kinh doanh hoặc tiếp tục hoạt động, kinh doanh trước thời hạn của cơ quan nhà nước có thẩm quyền nhưng sau khi cơ quan thuế thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (Khoản 2 Điều 13)

1.6 Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

a) Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế (Điều 14):

- Bổ sung quy định về hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Theo đó, trước khi nộp hồ sơ giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã (bao gồm cả trường hợp giải thể tự nguyện và giải thể bắt buộc), hoặc chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc tại cơ quan đăng ký kinh doanh, người nộp thuế phải đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để nộp hồ sơ và thực hiện các thủ tục về thuế, hoàn thành nghĩa vụ thuế theo quy định (khoản 3 Điều 14).

- Bổ sung quy định về hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ hợp tác thực hiện đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông cùng với đăng ký kinh doanh là các giao dịch chấm dứt hoạt động tổ hợp tác do cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang (khoản 4 Điều 14).

b) Về chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với người nộp thuế trong trường hợp cơ quan thuế ban hành Thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (Điều 17):

- Bổ sung các trường hợp thuộc diện xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (điểm đ, e, g khoản 1 Điều 17) gồm:

+ Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

+ Cơ quan thuế nhận được thông tin về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác, Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc do Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký kinh doanh truyền sang Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

+ Cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế lần đầu hoặc khi thay đổi thông tin đăng ký thuế mà người nộp thuế được phân loại rủi ro thuộc diện phải xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

- Bổ sung trạng thái 09 “Người nộp thuế chờ xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký”, đồng thời bổ sung quy định cơ quan thuế gửi thông tin về việc người nộp thuế thuộc trường hợp chờ xác minh tình trạng hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký đến tài khoản giao dịch thuế điện tử của người nộp thuế; địa chỉ thư điện tử, số điện thoại của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế đã đăng ký với cơ quan thuế hoặc qua ứng dụng EtaxMobile, VneID của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế. Người nộp thuế có thể đến cơ quan thuế giải trình trực tiếp hoặc bổ sung thông tin, tài liệu bằng văn bản để chứng minh tình trạng đang hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký. Trường hợp người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế hoặc giải trình trước khi cơ quan thuế thực hiện xác minh và được cơ quan thuế chấp thuận giải trình thì cơ quan thuế cập nhật lại trạng thái mã số thuế của người nộp thuế trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ khai thuế hoặc chấp thuận giải trình của người nộp thuế (Khoản 1 Điều 17).

1.7 Thủ tục khôi phục mã số thuế

a) Về hồ sơ khôi phục mã số thuế (Điều 18):

- Đối với hồ sơ khôi phục mã số thuế trong trường hợp người nộp thuế bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, Thông tư 86/2024/TT-BTC bổ sung quy định đối với trường hợp người nộp thuế đã thay đổi địa chỉ trụ sở. Theo đó, người nộp thuế phải ghi địa chỉ trụ sở hiện tại và giải trình lý do trong văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế, đồng thời nộp kèm hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế (điểm b khoản 1 Điều 18).

- Bổ sung trường hợp và hồ sơ khôi phục mã số thuế đối với đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế do chấm dứt hoạt động đến cơ quan thuế nhưng chưa nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh, sau đó có văn bản hủy quyết định chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc (điểm d khoản 1 Điều 18).

- Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp hợp tác xã, tổ hợp tác đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký thì sau khi được cơ quan đăng ký kinh doanh khôi phục tình trạng pháp lý theo quy định của pháp luật về đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký tổ hợp tác, người nộp thuế phải nộp hồ sơ khôi phục mã số thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 2 Điều 18).

2. Các nội dung mới áp dụng đối với người nộp thuế là cá nhân là người nước ngoài

2.1 Thủ tục đăng ký thuế lần đầu

- Sửa đổi, bổ sung thủ tục đăng ký thuế lần đầu đối với cá nhân/đại diện hộ gia đình là người nước ngoài (là đối tượng được cơ quan thuế cấp mã số thuế) như sau:

+ Về hồ sơ: Bổ sung quy định trường hợp cá nhân đã đăng ký và kích hoạt tài khoản định danh điện tử Mức độ 2 theo quy định tại khoản 2 Điều 10, khoản 2 Điều 11 và Điều 14 Nghị định số 69/2024/NĐ-CP để thực hiện thủ tục đăng ký thuế với cơ quan thuế thì không phải nộp bản sao hộ chiếu trong hồ sơ đăng ký thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 22 Thông tư này nếu hộ chiếu đã được tích hợp vào tài khoản định danh điện tử (khoản 2 Điều 36).

+ Về trình tự xử lý và trả kết quả: bổ sung quy định cụ thể đối với trường hợp đủ điều kiện cấp mã số thuế và không đủ điều kiện cấp mã số thuế. Kết quả trả ra của cơ quan thuế giảm còn 01 mẫu là “Thông báo mã số thuế cá nhân” cấp cho cá nhân hoặc cơ quan chi trả, bỏ các mẫu: Giấy chứng nhận đăng ký thuế dành cho cá nhân (Mẫu 12-MST), Thông báo mã số thuế của người phụ thuộc (Mẫu 21-MST), Thông báo mã số thuế của người phụ thuộc ủy quyền đăng ký thuế qua cơ quan chi trả thu nhập (Mẫu 22-MST).

2.2 Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

Sửa đổi, bổ sung thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế đối với cá nhân/đại diện hộ gia đình là người nước ngoài (là đối tượng được cơ quan thuế cấp mã số thuế) như sau: Bổ sung quy định trường hợp cá nhân đã đăng ký và kích hoạt tài khoản định danh điện tử Mức độ 2 theo quy định tại khoản 2 Điều 10, khoản 2 Điều 11 và Điều 14 Nghị định số 69/2024/NĐ-CP để thực hiện thủ tục đăng ký thuế với cơ quan thuế thì không phải nộp bản sao hộ chiếu trong hồ sơ đăng ký thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 25 Thông tư này nếu hộ chiếu đã được tích hợp vào tài khoản định danh điện tử (khoản 2 Điều 36).

2.3 Bổ sung nội dung về ứng dụng cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư, định danh và xác thực điện tử trong thực hiện thủ tục đăng ký thuế (Điều 36)

- Cơ quan thuế thực hiện khai thác thông tin cá nhân trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư phù hợp với lộ trình triển khai kết nối, chia sẻ thông tin giữa Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và Cơ sở dữ liệu thuế để giải quyết thủ tục đăng ký thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Thông tư này và phải lưu trữ, bảo quản thông tin, dữ liệu bảo đảm an toàn, bảo mật theo quy định của pháp luật. Trường hợp các thông tin đã có trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và đã được kết nối, chia sẻ với cơ sở dữ liệu thuế thì không yêu cầu người nộp thuế khai báo lại với cơ quan thuế.

- Tổ chức, cá nhân sử dụng tài khoản định danh điện tử do Hệ thống định danh và xác thực điện tử tạo lập để thực hiện thủ tục đăng ký thuế theo quy định tại Thông tư này trên môi trường điện tử theo quy định tại Nghị định số 69/2024/NĐ-CP ngày 25/6/2024 của Chính phủ quy định về định danh và xác thực điện tử. Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ đăng ký thuế điện tử của tổ chức, cá nhân theo quy định tại Thông tư số 19/2021/TT-BTC và Thông tư số 46/2024/TT-BTC ngày 09/7/2024 sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 19/2021/TT-BTC .

3. Một số lưu ý về sử dụng tài khoản định danh điện tử của tổ chức trong giao dịch thuế điện tử

Theo quy định tại khoản 4 Điều 40 Nghị định số 69/2024/NĐ-CP ngày 25/06/2024 của Chính phủ quy định về định danh và xác thực điện tử thì tài khoản được tạo lập bởi Cổng dịch vụ công quốc gia, hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính cấp bộ, cấp tỉnh cấp cho cơ quan, tổ chức, doanh nghiệp được sử dụng đến hết ngày 30/6/2025. Theo đó:

- Từ ngày 01/7/2025, cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp sử dụng tài khoản định danh điện tử do Bộ Công an cấp trong thực hiện thủ tục hành chính thuế bằng phương thức điện tử.

- Trường hợp đến ngày 01/7/2025, người nộp thuế đang làm thủ tục cấp tài khoản định danh điện tử nhưng chưa được Bộ Công an cấp, hoặc cá nhân là người nước ngoài, tổ chức có đại diện pháp luật là người nước ngoài chưa được cấp tài khoản định danh điện tử do phụ thuộc vào tiến độ triển khai của Bộ Công an, người nộp thuế tiếp tục thực hiện nghĩa vụ với NSNN thông qua tài khoản thuế điện tử nếu đáp ứng quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Giao dịch điện tử cho đến khi được cấp tài khoản định danh điện tử theo lộ trình triển khai của Bộ Công an.

- Người nộp thuế không thuộc đối tượng cấp tài khoản định danh điện tử theo quy định tại Nghị định số 69/2024/NĐ-CP vẫn thực hiện giao dịch thuế bằng phương thức điện tử theo quy định tại Luật Quản lý thuế, Luật Giao dịch điện tử, Thông tư số 19/2021/TT-BTC và Thông tư số 46/2024/TT-BTC của Bộ Tài chính.